连锁药店的门店商品盘点是检验库存管理是否到位的试金石，其目的是为配合各门店商品管理方案的正确落实。加强连锁药店总部对门店商品管理的监管控制，确保门店实物与电脑系统商品库存的一致性，财务账与商品账的账账相符。
一般而言，通过盘点希望达到如下目的：
1、全面掌握目前门店的商品品种、数量及金额；
2、通过盘点发现实盘商品数量与帐面金额的差异，掌握所有单品的损溢状况，以便账务处理，做到账货相符；
3、有效地了解库存合理性，洞察门店滞销商品及不动销商品，以便及时调整。
盘点的方式，可以分为定期盘点、交接盘点（店长调动或离职时盘点）、财务部（防损部）不定期抽盘、区域经理定期抽盘等。
定期盘点可分为
日盘（门店在交接班营业中进行商品动态盘点，同时包括50元以上贵重商品和易盗商品进行盘点）；
月盘（门店每月31日进行全部商品盘点，需要打印盘点报表）；
年终盘点（门店每年度12月31日进行年度商品大盘点）等。
交接盘点，因店长调动或离职时进行的盘点
1、人员调动或离职时，须由区域经理到场进行三方盘点。交接表格由财务部传真至门店，盘点内容包括门店存货、备用金、营业款、手工帐、促销费、其他零星费用及固定资产。
2、盘点完毕，及时确认并调整差异。盘点清单须交接人，接收人及监交人三方签字确认。
3、将差异原因在第二天传真至门管进行系统处理。处理完毕后，财务部于隔天进行交接抽盘工作，在确认无误前提下确定交接完毕。