一、设计方面的区别
条码扫描器是有专用的条码扫描引擎，用来扫描解析条码二维码。
手机扫描二维码是依托相机抓拍图片，内置软件在二次解析、输出，同时手机是多功能应用，扫码只是其中之一。
二、解码上的区别
专业的条码扫描器是属于“硬解码”，都有专用的解码芯片和摄像头在里面，解码速度都是按毫秒级别计算。
手机扫描二维码是内置的解码软件针对所拍到的照片进行解码在输出，解码成功率、支持条码类型，完全看解码软件的计算方法及如何调配手机硬件，这个过程所用的时间肯定是远远大于专业条码扫描设备，手机扫描条码二维码我们俗称“软解码”。
三、操作方式的区别
条码扫描器的瞄准方式叫外瞄准，按键开关启动会有瞄准线（框、中心点等）帮你对准条码。
手机要在屏幕上把条码摆正位置，操作起来很慢很不方便，工作效率大大降低。
四、通信协议区别
扫描器基本都支持USB口，RS232串口，网口通信，基本上所有的用到扫描器的应用软件都是用这几种通信协议的，解码结果直接输出到应用软件上。如超市收银、生产厂家追溯系统、物流仓储系统、出入库系统等。
手机扫描后的结果只显示到你手机屏幕上，或者只能和你手机上的APP进行通信互动，要想和 PC或其他设备进行通讯，这个中间所做的工作量就太大了，费力不讨好。